Komisijos ir darbo grupės
Dokumentų ekspertų komisija, sudaryta Kalėjimų departamento direktoriaus 2015 m. rugsėjo 30 d. įsakymu Nr. V-367. Tai nuolat veikianti patariamoji komisija, kuri nagrinėja bendrųjų (neįslaptintų) dokumentų ekspertizės, tvarkymo, apskaitos ir saugojimo klausimus.
Darbuotojų saugos ir sveikatos komitetas, sudarytas Kalėjimų departamento direktoriaus 2019 m. liepos 9 d. įsakymu Nr. V-257. Komiteto uždavinys yra analizuoti ir teikti Kalėjimų departamento direktoriui pasiūlymus ir išvadas aktualiais Kalėjimų departamento kenksmingų veiksnių valdymo klausimais.
Ekstremalių situacijų operacijų centras, sudarytas Kalėjimų departamento direktoriaus 2019 m. gruodžio 12 d. įsakymu Nr. V-379. Tai institucija, koordinuojanti bausmių vykdymo sistemos veiklą įvykių, ekstremalių situacijų metu ir jos nurodymai Kalėjimų departamento bei jam pavaldžių įstaigų darbuotojams yra privalomi
Centrinė specialioji ekspertų komisija, sudaryta Kalėjimų departamento direktoriaus 2020 m. kovo 12 d. įsakymu Nr. V-71. Nuolat veikianti komisija, skirta Kalėjimų departamento ir Kalėjimų departamentui pavaldžių įstaigų įslaptintos informacijos apsaugai koordinuoti, informacijos įslaptinimo pagrįstumui įvertinti, kitiems įslaptintos informacijos apsaugos sričių (personalo patikimumo, įslaptintos informacijos administravimo, fizinės apsaugos, įslaptintų sandorių saugumo, automatizuoto duomenų apdorojimo sistemų ir tinklų apsaugos) klausimams spręsti.
Lietuvos kalėjimų tarnybos Etikos komisija, sudaryta Lietuvos kalėjimų tarnybos direktoriaus 2023 m. spalio 31 d. įsakymu Nr. V-889. Tai - komisija, kuri nagrinėja Lietuvos kalėjimų tarnybos darbuotojų Etikos kodekso pažeidimus ir priima sprendimus dėl jų, vykdo prevencinę veiklą, formuodama ir plėtodama tarnybinės (darbo) etikos politiką.
Kalėjimų departamento prie Lietuvos Respublikos teisingumo ministerijos ir šiam departamentui pavaldžių įstaigų organizacinė-etatinė komisija, sudaryta Kalėjimų departamento direktoriaus 2020 m. gegužės 14 d. įsakymu Nr. V-135. Tai Kalėjimų departamento direktoriaus patariamoji komisija, kuri teisės aktų nustatyta tvarka svarsto ir teikia jam siūlymus dėl Kalėjimų departamento pareigybių ir šiam departamentui pavaldžių įstaigų pataisos pareigūnų pareigybių sąrašu, struktūrų.
Darbuotojų valdymo komitetas, sudarytas Kalėjimų departamento direktoriaus 2020 m. gruodžio 8 d. įsakymu Nr. V-372. Komitetas yra nuolat veikiantis patariamasis organas, kurio pagrindinis uždavinys — spręsti iškylančias problemas, susijusias su tarnyboje dirbančių valstybės tarnautojų ir darbuotojų, dirbančių pagal darbo sutartis, socialinėmis ir ekonominėmis sąlygomis bei garantijomis, bendradarbiaujant su Kalėjimų departamentu bei pavaldžiomis įstaigomis ir socialiniais partneriais — Lietuvos teisėsaugos pareigūnų federacija, Lietuvos Respublikos ikiteisminio tyrimo įstaigų profesine sąjunga ir Vilniaus apskrities ikiteisminio tyrimo įstaigų profesine sąjunga.