Valstybės tarnautojas atlieka specialias teisės aktuose numatytas funkcijas:

• Atlieka priežiūros ir (ar) kontrolės veiklas arba prireikus koordinuoja priežiūros ir (ar) kontrolės veiklų atlikimą.
• Konsultuoja priskirtos srities klausimais.
• Planuoja priežiūros ir (ar) kontrolės veiklas arba prireikus koordinuoja priežiūros ir (ar) kontrolės veiklų planavimą.
• Prižiūri su priežiūros ir (ar) kontrolės veiklomis susijusių sprendimų, rekomendacijų, nurodymų vykdymą arba prireikus koordinuoja su priežiūros ir (ar) kontrolės veiklomis susijusių sprendimų, rekomendacijų, nurodymų vykdymo priežiūrą.
• Rengia teisės aktų projektus ir kitus susijusius dokumentus dėl priežiūros ir (ar) kontrolės arba prireikus koordinuoja teisės aktų projektų ir kitų susijusių dokumentų dėl priežiūros ir (ar) kontrolės rengimą.
• Atlieka veiklos planavimo dokumentų įgyvendinimo stebėseną ir vertinimą arba prireikus koordinuoja veiklos planavimo dokumentų įgyvendinimą ir vertinimą.
• Rengia ir teikia informaciją su veiklos planavimo įgyvendinimu susijusiais sudėtingais klausimais arba prireikus koordinuoja informacijos su veiklos planavimo įgyvendinimu susijusiais sudėtingais klausimais rengimą ir teikimą.
• Rengia ir teikia pasiūlymus su veiklos planavimu susijusiais klausimais.
• Rengia veiklos planavimo dokumentus arba prireikus koordinuoja veiklos planavimo dokumentų rengimą.
• Koordinuoja ir organizuoja konsultacijų su kitomis institucijomis nuteistųjų ir suimtųjų įskaitos klausimais vykdymą.
• Koordinuoja teismų nuosprendžių, nutarčių, baudžiamųjų įsakymų bei kitų jų, prokurorų ir ikiteisminio tyrimo pareigūnų sprendimų vykdymą, Lietuvos Respublikos įstatymų dėl amnestijos akto, Lietuvos Respublikos Prezidento dekretų dėl malonės suteikimo vykdymą.
• Koordinuoja ir kontroliuoja suimtųjų ir nuteistųjų priėmimo, konvojavimo, perkėlimo ir paleidimo iš kalėjimų procesų teisėtumą.
• Koordinuoja ir organizuoja bendradarbiavimą su kitomis institucijomis nuteistųjų ir suimtųjų priėmimo, perkėlimo bei paleidimo iš kalėjimų teisėtumo priežiūros ir kontrolės, teismų sprendimų vykdymo klausimais.
• Pagal kompetenciją teikia metodinę pagalbą kalėjimų darbuotojams.
• Koordinuoja konsultacijų vykdymą su kitomis ES valstybių kompetentingomis institucijomis dėl nuteistųjų asmenų perdavimo, prireikus koordinuoja bendradarbiavimą su užsienio valstybių institucijomis bei organizacijomis.
• Vykdo kitus nenuolatinio pobūdžio su struktūrinio padalinio veikla susijusius pavedimus.