Valstybės tarnautojas atlieka specialias teisės aktuose numatytas funkcijas:

• Įstaigos vadovui pavedus atstovauja įstaigai santykiuose su kitomis įstaigomis, organizacijomis bei fiziniais asmenimis.
• Konsultuoja su struktūrinio padalinio veikla susijusiais klausimais.
• Priima su struktūrinio padalinio veikla susijusius sprendimus.

• Rengia ir teikia pasiūlymus su struktūrinio padalinio veikla susijusiais klausimais.
• Vadovauja struktūrinio padalinio veiklos vykdymui aktualios informacijos apdorojimui arba prireikus apdoroja struktūrinio padalinio veiklai vykdyti aktualią informaciją.

• Vadovauja struktūrinio padalinio veiklų vykdymui arba prireikus vykdo struktūrinio padalinio veiklas.
• Vadovauja su struktūrinio padalinio veikla susijusios informacijos rengimui ir teikimui arba prireikus rengia ir teikia su struktūrinio padalinio veikla susijusią informaciją.

• Vadovauja su struktūrinio padalinio veikla susijusių dokumentų rengimui arba prireikus rengia su struktūrinio padalinio veikla susijusius dokumentus.
• Valdo struktūrinio padalinio žmogiškuosius išteklius teisės aktų nustatyta tvarka.            
• Užtikrina Kalėjimų departamento gaunamų ir išrašomų apskaitos dokumentų administravimą bei koordinuoja buhalterinės apskaitos tvarkymui centralizuotai reikalingos informacijos ir dokumentų pateikimą Nacionaliniam bendrųjų funkcijų centrui (toliau – NBFC).

• Atlieka Kalėjimų departamento Biudžeto vykdymo ataskaitų (ketvirtinių, metinių ir konsoliduotų), Finansinių ataskaitų rinkinio (tarpinių, metinių ir konsoliduotų) duomenų analizę ir pasirašytas ataskaitas pateikia NBFC, asignavimų valdytojui, Lietuvos Respublikos finansų ministerijos Valstybės iždo departamentui bei skelbia interneto svetainėje.

• Koordinuoja Kriminalinės žvalgybos valdybos Kriminalinės žvalgybos skyrių  lėšų, skirtų kriminalinės žvalgybos subjektų funkcijoms įgyvendinti, panaudojimą pagal Kriminalinės žvalgybos valdybos Kriminalinės žvalgybos skyrių pateiktų pažymų suvestinę ataskaitą ir  teisės aktų nustatyta tvarka perduoda duomenis NBFC.

• Vykdo išankstinę finansų kontrolę remiantis pateiktais dokumentais, prireikus – kompetentingų asmenų pasirašytomis išvadomis, užtikrinant ūkinių operacijų ir ūkinių įvykių teisėtumą valstybės lėšų naudojimo įstatymų nustatyta tvarka ir dokumentų įforminimo vykdymą bei kontrolę.
• Rengia atsakymus į institucijų, Kalėjimų departamentui pavaldžių įstaigų paklausimus ir kitokio pobūdžio raštus, taip pat atsakymus į piliečių, suimtųjų ir nuteistųjų prašymus, pareiškimus ir skundus, užtikrindamas Viešojo administravimo įstatymo nuostatų įgyvendinimą ir asmenų teisę į pagrįstą ir objektyvų asmenų prašymų, skundų ir pareiškimų nagrinėjimą bei informacijos suteikimą.

• Dalyvauja Kalėjimų departamento vadovybės posėdžiuose, komisijose, darbo grupėse ir kituose pasitarimuose.            
• Vykdo kitus nenuolatinio pobūdžio su struktūrinio padalinio veikla susijusius pavedimus.